Я думаю, что вопрос был не столько в объединениях, сколько в том, как отображать значения из двух разных таблиц - руководство пользователя, похоже, этого не объясняет.
Вот мой дубль:
$this->db->select('u.*, c.company, r.description');
$this->db->from('users u, company c, roles r');
$this->db->where('c.id = u.id_company');
$this->db->where('r.permissions = u.permissions');
$query = $this->db->get();