Просто введите командную строку DOS для вызова вашей утилиты в событии Pre-build. Msbuild поддерживает ряд макросов, которые помогут вам получить доступ к dll, настройкам и т. Д.
Если он действительно задействуется, вы можете создать свой собственный TaskItem - там вы будете иметь полный контроль над ситуацией