AFAIK, единственный ключ реестра, который может создать ClickOnce, - это ключ, связанный с отображением приложения на панели управления «Установка и удаление программ» системы для целей удаления. Я сомневаюсь, что это то, что вы хотите. Не стоит писать настройки конфигурации там. Таким образом, для вас не существует "записи реестра для этого приложения".
Если вы хотите сохранить настройки, для этого есть целая инфраструктура «настроек приложения». Он основан на файлах, а не на реестре. Хорошо работает с ClickOnce.
См .: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/0zszyc6e.aspx
Конечно, вы можете создать запись реестра самостоятельно в любой части реестра, к которой у пользователя есть соответствующий доступ. Класс для этого Microsoft.Win32.Registry
: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/microsoft.win32.registry.aspx
Хорошим выбором расположения реестра будет HKEY_CURRENT_USER\Software\YourCompanyName\YourProductName
.