Я думаю, что вам может не хватать izPack CheckedHelloPanel, который (согласно онлайн-документам) проверяет в реестре, чтобы увидеть, установлена ли другая версия, и спрашивает, хотите ли вы установить вторую версию.
OTOH ... если вы имеете в виду, что установщик должен быть способен выполнить обновление предыдущей версии на месте, это действительно сложная проблема, и мне еще не приходилось сталкиваться со сборщиком установщика, который даже пытается решить проблему. это.
РЕДАКТИРОВАТЬ На платформах, отличных от Windows, существует фундаментальная проблема. Если приложение может быть установлено в нестандартном месте, невозможно с уверенностью сказать, была ли ранее копия (той же или другой версии) установлена. И это может быть причиной того, что CheckedHelloPanel поддерживает только обнаружение старых версий в Windows.
Как уже было сказано, izPack является открытым исходным кодом, поэтому, если вы можете выяснить методологию обнаружения предыдущей версии в Linux, вы можете изменить CheckedHelloPanel для ее реализации. И, возможно, izPack примет патч. В любом случае, я рекомендую вам сначала взглянуть на этот подход, прежде чем отказаться от инструмента, которым вы в остальном довольны. (Особенно, если то, что вы хотите сделать, просто невозможно сделать в Linux.)