У меня не установлено Eclipse для проверки, но из некоторых поисков видно, что есть две вещи.
Чтобы изменить формат по умолчанию для новых файлов:
Window -> Preferences -> General -> Workspace -> New text file line delimiter
Чтобы преобразовать открытый файл:
File -> Convert Line Delimiters To -> Unix