Почему вы используете несколько слоев? Слои предназначены для группировки нескольких объектов, чтобы вы могли применять такие эффекты, как движение, ко всем узлам слоя.
Для меня это звучит так, как будто вы должны просто добавить спрайты в один слой. И если вы добавите два спрайта в полноэкранном режиме, один будет поверх другого независимо от наличия прозрачных частей изображения.