В Ubuntu просто используйте моно версию из репозиториев через apt-get install mono
. Только если эта версия не работает, ищите репозиторий, который дает вам более свежую версию.
Если вы просто хотите запустить свои двоичные файлы, вам просто нужен сам моно (включая библиотеки, используемые вашей сборкой). Если вы хотите преобразовать свой код в моно, используйте MOMA, как указано в Oded, и работайте над кодом.