Я верю, что вы можете. См. эту страницу о запуске более чем одной версии Dojo на странице. Это неудобно, но, кажется, это то, что вы ищете.
В целом, и Dojo, и jQuery были весьма осторожны, чтобы не забивать имена переменных друг друга или кого-либо еще.