Вот предположение.
В вашем scroll.js файле этот обработчик событий:
$('a[href*=#]').click(function()...
применяется к этим элементам «суб-навигации» в разделе «Портфолио», поэтому, когда вы нажимаете на один из них, анимация прокрутки происходит на body, что мешает вашей попытке прокрутки вручную. *
Если вы освободите эти ссылки от получения этого обработчика событий, я предполагаю, что он прояснится.