Shadowbox инициализирует элементы, которые имеют отношение к shadowbox при загрузке страницы. Если вы используете jquery для добавления ссылки, то к ссылке не будет прикреплен обработчик событий.
Попробуйте добавить класс по ссылке, например, sbox. Затем поместите это в теги скрипта вместо Shadowbox.init ();
window.onload = function() {
Shadowbox.setup($('.sbox'));
};
Shadowbox.init({
skipSetup:true, // skip the automatic setup
});
$(document).ready(function(){
$('a.sbox').live('click',function(event){
Shadowbox.open(this);
//Stops loading link
event.preventDefault();
});
});