Я узнал ответ от моего коллеги:
%apply (float* INPLACE_ARRAY1, int DIM1) {(float* data1, int n1), (float* data2, int n2)};
class Class
{
public:
void test(float* data1, int n1, float* data2, int n2)
{
//...
}
};
Теперь два пустых массива передаются в Class :: test.