Я так не думаю:
The array of parameters for the remote method can contain native PHP types,
Zend_XmlRpc_Value objects, or a mix of each.
Вы фактически имеете полный контроль над типом параметров, передаваемых удаленному методу. Преобразование значений null в пустые строки перед отправкой запроса должно быть тривиальным, не так ли?