Если вы осуществляете связь между Java и Java, RMI будет проще и целесообразнее. Сериализация данных в / из какого-либо XML или формата на основе URL не имеет большого значения.
С EJB3 очень просто развертывать удаленные объекты и вызывать их. Затем вы можете превратить эти EJB-компоненты в веб-службы, если потребуется позже, но для Java-to-Java я не могу придумать вескую причину, чтобы не использовал какую-то связь на основе RMI. 1005 *