Любой раздел в Web.config может находиться за пределами Web.config. Просто добавьте атрибут configSource и укажите имя файла. Вот пример того, что мы сделали для одного проекта.
<configuration>
<configSection>
<section name="microMvc" type="MicroMvc.MvcSection" allowDefinition="MachineToApplication" restartOnExternalChanges="true" />
</configSection>
<microMvc configSource="micromvc.config" />
</configuration>