что-то вроде:
for /f %%a in ('dir /ad /b') do (rmdir /S /Q "%%a")
for /d %%a in (*) do (rmdir /S /Q "%%a")
должен сделать свое дело. Во второй форме можно выбрать несколько подстановочных знаков для каталогов.
Чтобы проверить его вне скрипта, в обычном сеансе DOS:
for /f %a in ('dir /ad /b') do (rmdir /S /Q "%a")
for /d %a in (*) do (rmdir /S /Q "%a")
Обратите внимание на двойные кавычки , чтобы можно было удалять каталоги с пробелами в них.