Какова ваша большая цель здесь? Автоматизировать уже открытые окна Excel или просто записывать файлы XLS? Если это последнее, что вы должны использовать, рассмотрите возможность использования xlwt .
Как узнать, какой из них активен?
xl = win32com.client.Dispatch("Excel.Application")
wbOne = xl.Workbooks.Add()
wbTwo = xl.Workbooks.Add()
xl.ActiveWorkbook == wbOne
False
xl.ActiveWorkbook == wbTwo
True
Как изменить, какой из них активен?
wbOne.Activate()
xl.ActiveWorkbook == wbOne
True
Как вы можете закрыть одно, а не другое? (не Application.Quit ())
wbOne.Close()
wbTwo.Close()