Вы путаете "всплывающие окна" и "окна".
Всплывающее окно обычно отображается при щелчке правой кнопкой мыши по какому-либо объекту. Во всплывающем окне отобразится список действий, которые можно выполнить над этим объектом. Например, текстовое поле может иметь «вырезать», «копировать» и «вставить». Прочитайте раздел из учебника по Swing " Вызов всплывающего меню " для получения дополнительной информации.
Окно используется для отображения других компонентов Swing в JFrame или JDialog.
Учитывая, что вы вызываете это действие из пункта меню, я думаю, вы, вероятно, захотите создать и отобразить модальный JDialog, а не JFrame или всплывающее окно.
Также, читая руководство, прочитайте раздел «Использование менеджеров по макету». Использование нулевых макетов - не лучший способ создания диалога.