На самом деле так и будет, но, исходя из вашего примера, вы неправильно используете псевдоним. Он обрабатывает URL для сопоставления файла / каталога, поэтому ваша директива местоположения не применяется.
Это то, что я думаю, вы ищете:
Alias /foo /var/www/foo
Alias /bar /var/www/foo
<Location "/bar">
SetHandler None
</Location>