В текущих версиях flot единственное, что вы можете контролировать о тиках, это содержимое и класс меток (все тики имеют класс "tickLabel").
Я думаю, что с этими двумя способностями вы не можете делать то, что вы ищете.
Ознакомьтесь с этой ошибкой flot для некоторых модификаций кода, которые могут привести вас к тому, что вы хотите: http://code.google.com/p/flot/issues/detail?id=191