Это полностью зависит от точной конфигурации субдомена. Это может быть так же просто, как изменить это:
RewriteRule ^user/(.+)$ done.php?info=$1
в это:
RewriteRule ^/?user/(.+)$ done.php?info=$1
Но без конфигурации сервера трудно сказать. Я бы сказал, что включить RewriteLog (не может быть сделано в .htaccess), проверить его вывод, и если все еще неясно, сообщить о различиях в конфигурации между доменом и поддоменом.