Вы также можете создать массив и использовать implode при его распечатке. Это также лучше отделяет модель базы данных от представления.
mysql_select_db($database_db_connection, $db_connection);
$query_rsMenu = "SELECT * FROM menu WHERE online = 1 ORDER BY position ASC";
$rsMenu = mysql_query($query_rsMenu, $db_connection) or die(mysql_error());
$array = array();
while($row_rsMenu = mysql_fetch_assoc($rsMenu)) {
$array[] = "<li><a href=\"../" . $row_rsMenu['menuURL'] . "\">" . $row_rsMenu['menuName'] . "</a></li>\n";
}
mysql_free_result($rsMenu);
echo "<ul class='MenuBarVertical'>\n";
echo implode(' <img src="SiteFiles/Site/separator.jpg" /> ', $array);
echo "</ul>\n";
Конечно, теги оказываются между li, а не внутри, но так как вы делаете li inline, я думаю, что это будет работать.