Вам необходимо реализовать собственную NamingStrategy (org.hibernate.cfg.NamingStrategy). Возможно, использование подклассов того, который вы используете в данный момент, является самым простым способом (по умолчанию hibernate использует DefaultNamingStrategy).
Затем настройте sessionFactory с вашей стратегией именования:
SessionFactory sf = new Configuration()
.setNamingStrategy(new YourNamingStrategy())
.addFile(...)
.buildSessionFactory();
Или с помощью внедрения зависимости пружины на фабрику сеанса, если вы ее используете:
<bean id="sessionFactory" class="org.springframework.orm.hibernate3.annotation.AnnotationSessionFactoryBean">
...
<property name="namingStrategy">
<ref bean="namingStrategy" />
</property>
...