Альтернативное решение, которое я использую, состоит в том, чтобы создать свой собственный проект-обертку с битами надстройки, которые вы используете. Обычно в VS.Net это просто вопрос добавления файлов cpp из подкаталога boost/libs/blah. Они компилируются очень аккуратно, поэтому вам обычно не нужно делать никаких других настроек вашего проекта. Я считаю эту технику полезной, если вы хотите автоматизировать сборку из SCM и не хотите проверять двоичные файлы. Это также очень быстро, так как вы строите только те биты, которые вам нужны. Еще одним преимуществом является то, что проще создавать конфигурации, которые соответствуют вашим проектам, например, Debug / Release, статические / динамические, 32/64 бит. Однако есть одна проблема: вам нужно отключить опцию автоматического связывания, задав BOOST_ALL_NO_LIB при сборке проекта.
В качестве альтернативы вам понадобится инструмент jam для создания необработанных библиотек для необходимых вам конфигураций.