Что я использовал для этого
$filepath = '/path/to/FileToEncrypt.txt';
$output_filepath = $filepath . ".pgp";
$cmdline = PGP_BIN_PATH . " -e -r " . PGP_RECIPIENT . " < $filepath > $output_filepath";
exec ($cmdline, $stdout, $return);
if ($return != 0) {
//Something went wrong with execution, report or do wathever needed
}
константы предположения PGP_BIN_PATH определяет путь к двоичному файлу pgp, а PGP_RECIPIENT - имя dest, я думаю, что оно должно быть известно в первую очередь PGP.