Если ни один из объектов вашей базы данных не назван одинаково, вы можете закомментировать часть шаблона T4, которая создает общие объекты для одной копии вашего файла edmx.
WriteHeader(fileManager);
BeginNamespace(namespaceName, code);
/* Comment out this part
WriteObjectChangeTracker();
WriteIObjectWithChangeTracker();
WriteCustomObservableCollection();
WriteINotifyComplexPropertyChanging();
WriteEqualityComparer();
*/
EndNamespace(namespaceName);
Если у вас есть объекты базы данных с одинаковыми именами, я бы рекомендовал помещать каждый файл edmx в отдельное пространство имен.