Да, вы можете запустить несколько сайтов из версии сообщества Magento. Официальный блог Magento на самом деле только что опубликовал сообщение об этом, которое вы можете проверить:
http://www.magentocommerce.com/blog/comments/from-the-support-team-multi-site-domain-name-setup/
Суть в том, что вам нужно создать новый магазин в бэкэнде администратора. Если вы не используете один и тот же каталог продуктов для обоих сайтов, вам также необходимо создать еще одну «корневую категорию» в настройках категории каталога и указать эту категорию в качестве правильного корневого для вашего второго магазина.
Наконец, проблема с поддоменом. В зависимости от того, какую настройку сервера вы используете, это может быть сложной задачей. Если вы имеете полный контроль над сервером (лучшая идея, поскольку запуск Magento на общих хостах с точки зрения ресурсов немного проблематичен), добавьте vhosts в apache и установите переменные окружения MAGE_RUN_CODE и MAGE_RUN_TYPE в .htaccess для вашего сайта.
Я не вижу простого способа настроить поддомен при создании сайта. Вам нужно написать apache для создания хостов и изменения .htaccess, что потребует некоторой нетривиальной разработки для сайта Magento.
Гораздо более подробный ответ на другом конце этой ссылки. Надеюсь, это поможет.
Спасибо,
Джо