«Логический» эффект тот же - в таблицу могут быть загружены только уникальные значения. (Стоит отметить, что если столбец имеет значение NULL, может быть вставлена только 1 строка с NULL.)
Физический эффект тот же - уникальный индекс строится на таблице. Он может быть кластеризованным или некластеризованным.
Единственная реальная разница заключается в метаданных, информации, описывающей базу данных, которая хранится в системных таблицах. Во-первых, это записывается внутри как индекс, а во-вторых, это записывается как ограничение - хотя чистые эффекты идентичны. Это означает, что, в конечном счете, единственным отличием является код, необходимый для его создания и изменения в будущем.
(Это верно для SQL 7.0 до 2005, и я был бы очень удивлен, если бы они изменили его в 2008 году).