Спасибо всем за помощь. Я должен вам этот код:
// Proceed if file exists
if(file_exists($sourcePath)){
$pdfFile = fopen($sourcePath,"rb");
$data = fread($pdfFile, filesize($sourcePath));
fclose($pdfFile);
// Check if file is encrypted or not
if(stripos($data,$searchFor)){ // $searchFor = "/Encrypt"
$counterEncrypted++;
}else{
$counterNotEncrpyted++;
}
}else{
$counterNotExisting++;
}