Я бы предложил сравнить вывод скрипта с журналом apache или, что еще лучше, создать журнал, который бы записывал значение времени при запросе. Это исключает следующую возможность:
Некоторые провайдеры имеют сети кеширования, которые не доставляют контент непосредственно от вас на сайт, а вместо этого кешируют его, в надежде, что кто-то еще попросит ту же страницу, и тогда они смогут сэкономить вне полосы пропускания. Так что вы можете получить неправильную версию страницы, если в этой сети есть какой-то сбой.
Сравнение с apache log или syslog поможет вам понять, имеет ли другой код такое же представление о времени, что и ваш код, - что исключает возможность того, что это будет проблемой кода, и, вероятно, переносит его из области php в область сервера. Если это так, я бы внимательно посмотрел на ntp - это единственный демон, которого я знаю, который должен связываться со временем.