Я не работал с IBM i напрямую, но у IBM есть страница, на которой изложены ограничения использования LINQ to Entities с их продуктом, описанным здесь:
http://www.ibm.com/developerworks/wikis/display/DB2/IBM+Data+Server+LINQ+Entity+Framework+Limitations
Обратите внимание, что нет никакой (официальной) поддержки для любой другой платформы, кроме SQL Server при использовании LINQ-to-SQL, поэтому вы не сможете использовать ее для получения ваших данных.
Лучше всего использовать LINQ-to-Entities и ADO Entity Framework для доступа к этому источнику данных.