Полагаю, единственная особенность nHibernate в MVC - это способ обработки жизненного цикла сеанса. Большинство людей предпочитают шаблон реализации сеанса на запрос, где для каждого http-запроса создается новый сеанс (сеансы дешевы в nHibernate). Напротив, фабрики сессий довольно дороги в плане создания и должны создаваться один раз для всего приложения.
... и я настоятельно рекомендую вам прочитать ASP.NET MVC 2 в действии Джеффри Палермо. Специально обрабатывает nHibernate с помощью Asp.net MVC.