Пока вы можете использовать представления, чтобы скрыть их. Просто создайте представление только с теми файлами, которые вы хотите сохранить.
Для этого на компьютере Mac OS X я выполнил следующие команды:
find dir1/ dir2/ | sed 's/\(.*\)/"\1"/g' | xargs bzr view --name keep-versioned
Все файлы в каталоге вашей рабочей копии, кроме папок dir1 или dir2, будут игнорироваться, пока вы не удалите представление, например:
bzr view --delete --name keep-versioned