Прежде всего, очистка не требуется для разрешения конфликтов или конфликтов деревьев. Только в редких случаях операция не удалась на полпути, и ей необходимо очистить оставленные ею блокировки.
Конфликты деревьев происходят, когда у вас есть изменения в файле, который также был изменен кем-то другим, где одним из изменений является операция дерева (перемещение, переименование, добавление, удаление файла).
Документация TortoiseSvn достаточно хорошо описывает, что происходит и как эти конфликты могут быть разрешены