Предполагается, что байтовый массив содержит сборку .net (.exe или .dll):
Assembly assembly = AppDomain.Load(yourByteArray)
Type typeToExecute = assembly.GetType("ClassName");
Object instance = Activator.CreateInstance(typeToExecute);
Теперь, если typeToExecute реализует интерфейс, известный вашей вызывающей программе, вы можете привести его к этому интерфейсу и вызвать методы для него:
((MyInterface)instance).methodToInvoke();