Здесь происходит несколько вещей. Во-первых, звучит так, будто вы пытаетесь написать сервис. Предполагая, что вы пишете код для Windows, и этот код должен регулярно выполняться и выполнять некоторые задачи, и вы хотите, чтобы он запускался и останавливался автоматически при запуске или завершении работы компьютера, служба идеально подходит для такого рода задач. Написание сервиса не слишком отличается от написания обычного приложения, за исключением того, что оно имеет несколько дополнительных частей, позволяющих операционной системе управлять им, и, как правило, не имеет пользовательского интерфейса.
Что касается взаимодействия с веб-службой, то обычно веб-служба имеет опубликованный WSDL (язык описания веб-служб), который представляет собой просто необычный XML-файл, содержащий описание службы. Большинство инструментов для современного программирования имеют функцию, которая загружает файл WSDL и создает объект, который связывается со службой для вас. Тогда это так же просто, как создать экземпляр этого клиентского объекта и вызвать соответствующий метод. Как правило, использование этого созданного объекта так же просто, как вызов обычного кода, и объект выполняет всю работу по преобразованию ваших параметров в сообщение, отправке их по сети, ожиданию ответа и преобразованию ответа из веб-службы обратно в возвращаемое значение ваш клиент может прочитать.
Методы шифрования будут различаться в зависимости от операционной системы и языка программирования. Чтобы получить серьезный ответ, вам нужно будет добавить больше деталей.
На самом деле все это вещи, которые вы должны найти в Google, но одна из ироний поиска заключается в том, что иногда вы не можете найти то, что ищете, если не знаете, как это называется. Попробуйте сопоставить такие термины, как «Служба Windows», с вашими инструментами программирования и добавьте учебник по слову, и вы найдете много полезного для чтения. Поэтому, если вы используете Visual Studio и C #, поиск типа «Учебник по Windows Studio Visual Studio C #» должен дать вам именно то, что вам нужно.