Браузер Android всегда поддерживал NPAPI, механизм изменился в 2.1, но теперь он ищет APK с фильтром намерений "android.webkit.PLUGIN", поэтому плагин должен быть упакован отдельно.
Предварительно установив путь к плагину в WebView и скомпилировав плагин с помощью NDK, добились цели.
Надеюсь, это поможет, вы найдете много информации при поиске в Google NPAPI и WebView или NPAPI и Android.