Установка пароля на листе сделает ваш документ Excel немного "защищенным от несанкционированного доступа". Я не пробовал (использовал POI для чтения незащищенных документов Excel). Объект HSSFSheet имеет метод protectSheet (), начнем с него:
http://poi.apache.org/apidocs/org/apache/poi/hssf/usermodel/HSSFSheet.html#protectSheet%28java.lang.String%29
Но Я согласен с комментарием выше, в котором говорится, что не можно создать действительно защищенный документ Excel.
Если вам просто нужно узнать, был ли документ подделан, вы можете встроить зашифрованную контрольную сумму (MD5).