В Eclipse 3.5 операции запуска по умолчанию изменились, и, хотя новое поведение является более мощным, иногда оно может быть неудобным или раздражающим.
Если вы идете в Окно - Настройки - Выполнить / Отладка - Запуски в группе «Запуск операции» выберите первую опцию «Всегда запускать ранее запущенное приложение», F11 всегда будет использовать последнюю конфигурацию запуска или отладки, которую вы используете, без дополнительных запросов.