У меня были проблемы с поиском ответа на этот вопрос, поэтому я публикую его для потомков.
Ситуация такова, что у вас есть git-репо с подмодулем (похожим на svn external). Вы хотите обновить эту ссылку, чтобы она указывала на другую фиксацию во внешнем репозитории. Вы можете подумать, что 'git submodule sync' или 'git submodule update' сделают это - вы ошибаетесь.