Это происходит, когда классы, принадлежащие одному и тому же пакету, загружаются из разных файлов JAR, и эти файлы JAR имеют подписи, подписанные разными сертификатами - или, возможно, чаще, по крайней мере, один подписан, а один или несколько других нет (который включает классы, загруженные из каталогов, поскольку эти AFAIK не могут быть подписаны).
Поэтому убедитесь, что все JAR-файлы (или, по крайней мере, те, которые содержат классы из одинаковых пакетов) подписаны с использованием одного и того же сертификата, или удалите подписи из манифеста файлов JAR с перекрывающимися пакетами.