Как уже было сказано, есть несколько способов сделать это:
Настройте общий ресурс samba на linux box, который позволяет вам получать доступ к файлам из вашего windows окна с помощью вашей программы .NET. Остерегайтесь не выставлять личные файлы в сеть (например, / etc или / var). Кроме того, не раскрывайте активно используемые файлы, так как это приведет к неожиданному поведению, если ваш демон попытается получить доступ к файлу, над которым работает ваша программа. Просто получите доступ к экспортированным пассивным файлам данных по сети.
Используйте библиотеки для SSH с вашей программой для программного доступа к файлам на linux.
Настройте задание cron на коробке linux, которая регулярно копирует файлы в общую папку на вашем окне Windows для обработки там.
Установите deamon в mono / .NET, который запускается на Linux-коробке и передает файлы через API в ваше клиентское приложение Windows .NET.
Напишите всю программу в моно / .NET и дайте ей вычислить на Linux-коробке.
Просто некоторые подходы к решению, просто выберите тот, который подходит вам.