Я согласен, что вы не должны развертываться в приложении BizTalk.System.
Чтобы убедиться, что вы развертываете в нужном месте, откройте свойства проекта BizTalk и нажмите на вкладку «Развертывание» (выше я предполагаю, что вы развертываете локально , в этом случае BizTalk Group Сервер и База данных конфигурации должна быть уже установлена).
В группе BizTalk установите для Имя приложения значение «Тестировать приложение» (позже его можно изменить на что-то более значимое); убедитесь, что для всех остальных логических свойств на вкладке «Развертывание» задано значение true, за исключением свойства Включить модульное тестирование .
При развертывании проекта из Visual Studio (щелкнув правой кнопкой мыши имя проекта и выбрав «Развернуть», будет создано новое приложение BizTalk и проект будет развернут в качестве ресурса для этого приложения. Посмотрите окно VS Output, чтобы проверить что их развертывание прошло успешно.
После завершения развертывания откройте консоль администрирования BizTalk Server и разверните узел Приложения, теперь вы должны увидеть новое приложение под названием «Тестовое приложение». Если вы развернете новое приложение и загляните в Resources , вы увидите ваш недавно развернутый проект.