Для проверки попробуйте:
CREATE TABLE newtable LIKE oldtable;
-- change the character latin character set to latin5
ALTER TABLE newtable MODIFY latin1_text_col TEXT CHARACTER SET latin5;
INSERT INTO newtable
SELECT * from oldtable;
Если все выглядит хорошо, вы можете удалить старую таблицу и переименовать новую, чтобы иметь то же имя, что и у старой.