Если бы это был Linux, я бы сказал, просто запустите Java-приложение в качестве фонового задания. Что-то вроде
nohup java your_app &
...
Хотя я не использовал это в Windows, но, посмотрев в Google, обнаружил, что команда start / b делает то же самое. Возможно, вы могли бы попробовать что-то вроде этого:
start / b java your_app