Это решение, которое один из наших парней предложил в нашем офисе, поэтому я не беру на себя ответственность, но оно работает для меня здесь.
Иногда мы встречаемся со смешанными окончаниями строк в Linux и Windows в одном и том же файле, и мы также создаем файлы исправлений из Windows и применяем их в Linux.
Если у вас возникла проблема с исправлением после создания файла исправления в Windows или у вас смешанные окончания строк, сделайте следующее:
dos2unix patch-file
dos2unix $(sed -n 's/^Index: //p' patch-file)
patch -p0 -i patch-file