Точно так же, как вы знаете, MySQL использует только ограничительные рамки для своего анализа и не очень точен. Я бы не рекомендовал использовать его для пространственного анализа. Посмотрите документацию, и вы увидите, что большинство функций не реализованы.
Вы можете использовать PostGIS или SpatialLite (postgresql или sqllite соответственно), чтобы сделать то, что вам нужно. Для проекции просто выберите -1, что означает отсутствие проекции.