Хотелось бы, чтобы вы были Zend Studio, так как компонент профилировщика довольно хорош.
XDebug ( автономный совет ) может быть единственным вариантом, к сожалению.
Есть ли у вас возможность обновления до версии Zend Server 5 Professional? Функция трассировки кода поможет вам в профилировании. Или вы смотрели на PQP или DBG для Eclipse?
Хотел бы я больше помочь. Компания, в которой я работаю, использует Zend Server для всех развертываний, и все инженеры имеют Zend Studio.
Удачи.