Я не до конца понимаю ваш вопрос, но, как правило, лучше вставлять документы из соображений производительности. Это одно из главных преимуществ подхода MongoDB - локальность данных. Библиотека pymongo использует SON сортированную реализацию dict, которая будет поддерживать порядок ключей вашего документа.
Если ваш документ содержит список / массив элементов и вас беспокоит порядок элементов, не бойтесь, потому что порядок массива также поддерживается.