Чтобы продвинуть эту идею немного дальше. В идеале вы не должны хранить намного больше, чем простой скрипт, который обращается к вашей базе кода, и ваши статические файлы, такие как изображения и CSS, в корне сети.
eg:
webroot/index.php
webroot/images/img1.jpg
webroot/images/img2.jpg
webroot/css/base.css
lib/myclass1.php
lib/myclass2.php
И ваш index.php будет выглядеть примерно так:
<?php
$CODEBASE = '/usr/home/wwwuser/wherever/it/is';
include $CODEBASE."/lib/myclass1.php";
$code = new MyClass1();
$code->doStuff();
?>