Вы можете нарисовать две фигуры в отдельных окнах:
figure(1)
% do plotting
figure(2)
% do plotting
или на вспомогательных участках:
figure(1)
subplot(1, 2, 1)
% do plotting
subplot(1, 2, 2)
% do plotting
Для получения дополнительной информации вы можете просмотреть документы MATLAB для функций рисунка и подплота(в меню справки).
Для печати изображений в файл см. документацию по функции печати.Или просто зайдите в Файл -> Сохранить как и выберите нужный тип изображения.